Parafia została erygowana 15 grudnia 1938 roku przez biskupa gdańskiego ks. dra Karola Marię Spletta. Pochodzący z Sopotu biskup wydał dekret o ustanowieniu kuracji (parafii) pw. św. Michała Archanioła, obejmującą południową część Sopotu. Na początek uruchomiono kaplicę poświęconą świętemu Michałowi.
Probostwo otrzymało swoją siedzibę w domu przy obecnej ulicy 3-go Maja 38a. Znajdująca się na parterze kaplica mogła pomieścić około 100 osób, z czego 38 na miejscach siedzących. Wezwanie nowego kościoła było jakby wyznaczeniem miastu patrona na „trudne czasy” lat 1938-39, gdy w Wolnym Mieście Gdańsku rządził Albert Forster.
Po wybuchu II Wojny Światowej pieniądze zebrane na budowę nowej świątyni zostały zarekwirowane, nie przeszkodziło to jednak w budowaniu Kościoła – wspólnoty parafialnej. Życie duszpasterskie koncentrowało się wówczas na plebanii; tam sprawowano Eucharystię i udzielano sakramentów.
Pierwszym proboszczem został ksiądz Leon Schliep z diecezji chełmińskiej, wyświęcony razem z księdzem Leonem Kossak-Główczewskim w Pelplinie. W 1945 roku w wyniku zmian geopolitycznych ks. Schliep został zmuszony do opuszczenia parafii, a duszpasterstwo objęli kolejno: ksiądz Wacław Prejs a po nim ks. Bernard Żurawski. Wspomnienia wymaga fakt, iż Sopot najmniej ucierpiał podczas „wyzwolenia” przez Armię Czerwoną, stąd w okresie powojennym wybrany został na siedzibę nowych władz PRL-u, co przekładało się na społeczno-polityczny, a więc także religijny klimat miasta tamtego okresu.
W 1948 roku proboszczem zostaje ks. Ambroży Dykier, który pełnić będzie te funkcje przez następne ćwierćwiecze. Parafia liczyła wówczas około 12 tysięcy osób, powrócono więc do projektu budowy nowego kościoła. Jesienią 1951 roku nastąpiło zakończenie, rozpoczętej pod koniec lat czterdziestych, budowy nowego, dolnego kościoła projektu Wacława Rembiszewskiego i Jana Borowskiego. Kościół został uroczyście poświęcony 23 grudnia 1951 roku.
Wiosną 1952 roku przystąpiono do budowy górnego kościoła, jednak decyzje polityczne wczesnych władz państwowych nie pozwalały na kontynuowanie dzieła.
W 1956 roku zostaje namalowany i umieszczony w dolnym kościele obraz Jezusa Miłosiernego „Jezu ufam Tobie” autorstwa Adolfa Hyły (najstarszy obraz z tej serii w Archidiecezji Gdańskiej).
Po tragicznych wydarzeniach w grudniu 1970 roku zostaje wznowiona budowa górnego kościoła, wznoszonego według projektu Marka Sztafrowskiego, zakończona w 1975 roku. Witraże zaprojektowała Maria Leszczyńska. Długość nowo wybudowanej świątyni wynosi 46 metrów, szerokość 25 a wysokość 14. Wieża wznosi się na wysokość 38 metrów.
24 marca 1972 roku umiera ks. Ambroży Dykier, nie doczekawszy poświęcenia kościoła górnego. Nowo mianowany proboszcz, ks. Andrzej Żebrowski, prowadzi prace wykończeniowe zwieńczone poświęceniem górnej świątyni w dniu 22 kwietnia 1973 roku.
5 sierpnia 1987 roku, decyzją biskupa gdańskiego Tadeusza Gocłowskiego, proboszczem parafii św. Michała Archanioła w Sopocie zostaje ks. Stanisław Dułak.
W lutym 1988 roku odbywają się misje, a parafię nawiedza kopia Obrazu Matki Boskiej Częstochowskiej.
W 1991 roku powstaje w górnym kościele i zostaje poświęcony 27 kwietnia tego roku ołtarz Matki Bożej Kozielskiej.
8 maja 1996 roku miało miejsce nawiedzenie parafii przez peregrynującą Figurę Matki Bożej Fatimskiej, a w dniach 21-22 grudnia 1997 roku przez Relikwie Świętego Wojciecha.
W 1998 roku powstaje droga krzyżowa w kościele górnym, namalowana metodą graffiti. W dniach 13-18 grudnia w parafii odbywają się misje, których centralną uroczystością jest poświęcenie Krzyża Misyjnego – daru prezydenta i władz Sopotu. Dzień później, 19 grudnia, odbywa się uroczystość upamiętniająca 60 lat istnienia parafii, podczas której następuje intronizacja Relikwii św. Jadwigi Królowej Polski.
5 czerwca 1999 roku na terenie naszej parafii Mszę Świętą odprawił Ojciec Święty Jan Paweł II. Papieska celebra była zwieńczeniem tysiąclecia kanonizacji świętego Wojciecha – chrzciciela Gdańska.
W październiku 2002 roku w związku z ogłoszeniem przez Jana Pawła II Roku Różańca i wydaniem Listu Apostolskiego Rosarium Virginis Mariae, parafia św. Michała włączając się w inicjatywę Archidiecezji Gdańskiej podejmuje dzieło modlitwy różańcowej o pokój, za rodziny oraz za Ojca Świętego w dwudziestym piątym, jubileuszowym roku jego pontyfikatu. Do odmawiania różańca do 16 października 2003 roku zobowiązało się 450 parafian. Nazwiska osób, które ofiarowały Ojcu Świętemu dar swojej modlitwy były przez cały ten rok odnotowywane w Księdze Różańca, która została przekazana papieżowi podczas kolejnej pielgrzymki archidiecezjan gdańskich 16 października 2003 roku w Watykanie.
W 2003 roku dolny kościół wzbogacił się o 9 witraży przedstawiających świętych polskich. Na kościele umieszczono także pamiątkową tablicę poświęconą generałowi Sikorskiemu.
W roku 2004 wykonano ponadto parking wokół kościoła.
5 sierpnia 2004 kolejnym, siódmym w historii parafii, proboszczem zostaje ks. dr Zbigniew Zieliński.
W lipcu i sierpniu 2005 roku ma miejsce generalny remont dolnego kościoła oraz instalacja organów.
25 października 2006 roku rozpoczęła się rozbudowa kościoła o przyłączony do niego w jednej bryle Dom Parafialny im. Jana Pawła II, wznoszony na pamiątkę pobytu Ojca Świętego w tejże parafii. W marcu i kwietniu dokonano remontu i ostatecznego wykończenia pokrycia i ocieplenia dachu. Wykonano instalację ogrzewania całego obiektu kościelnego wraz z salkami i domem parafialnym.
9 grudnia 2007 decyzją biskupa gdańskiego Tadeusza Gocłowskiego, proboszczem zostaje ks. Marian Krzywda.
Od marca 2010 roku do roku 2011 kontynuowane są prace wykończeniowe domu parafialnego im. Jana Pawła II: szpachlowanie, kładzenie glazury i terakoty w kolejnych pomieszczeniach, przygotowywanie mieszkania dla księży, biuro parafialne. Ponadto wykonano odgrzybianie, wentylację i malowanie dolnego kościoła MB Nieustającej Pomocy.
W październiku 2011 roku rozpoczęto prace przy wykonywaniu ogrodzenia domu parafialnego.
W czerwcu 2012 wykonano nowe schody wejściowe do górnego kościoła, a we wrześniu wmurowano i odsłonięto tablice pamiątkową dedykowaną księdzu Stanisławowi Dułakowi, wieloletniemu proboszczowi tej parafii. W październiku wykonano projekt zagospodarowania terenu wokół kościoła, uwzględniającego nowy obiekt – dom parafialny. Z kostki brukowej wykonano nawierzchnię przejść przy kościele i plac przed wejściem do górnego kościoła, zdewastowane na skutek upływu czasu oraz przez samochody parkujące na tym terenie. Wymieniono również stare lampy na nowe, nawiązujące do stylu przedwojennego Sopotu.
W kwietniu 2013 rok wykonano z granitu schody i posadzkę przed wejściem do dolnego kościoła, zamontowano barierki i zjazd dla niepełnosprawnych, a także wymieniono lampy sufitowe w krużgankach przy wejściu do dolnego kościoła.
W czerwcu 2013 rozpoczęto inwentaryzację okien górnego kościoła, której skutkiem była wymiana okien od strony ulicy 3-go Maja w styczniu 2014 roku.
Warto przy tym nadmienić, że zarówno świątynia jak i dom parafialny zostały wzniesione z ofiar parafian.
